Le Conseil de laboratoire est une structure décisionnelle. Il est composé de l’ensemble des membres permanents, de deux représentant/es des membres temporaires de plus d’un an (dont au moins un/e doctorant/e et éventuellement un/e  ATER ou un/e postdoctorant/e) élu/es pour 2 ans par leurs pairs, et d’un/e personnel administratif et technique (ou du représentant de cette catégorie élu par ses pairs).
La directrice/le directeur peut en outre nommer un membre supplémentaire après approbation du Conseil de laboratoire.

Le Conseil de laboratoire se réunit au moins une fois par trimestre, avec un calendrier régulier fixé à l’avance.
Il élit la directrice/le directeur de PPL pour quatre ans, mandat renouvelable une fois. Il élit également,dans un deuxième temps, la directrice/le directeur adjoint/e, pour quatre ans, mandat également renouvelable une fois. Les candidatures à ces postes de direction doivent être déposées au plus tard 15 jours avant le Conseil de laboratoire.
Il vote le budget de l’unité de recherche.
Il définit et met en œuvre la politique scientifique.
Il valide l’entrée des nouveaux membres.
Il élit les responsables d’axes.
Il a autorité sur l’organisation de la formation doctorale.
Il a un rôle consultatif sur la définition des profils des postes à pourvoir.
Il traite toute autre question que ses membres souhaitent voir discuter.
Ses décisions sont prises à la majorité des présents/tes et représentés/ées Le nombre maximum de procuration est de deux par person